組織經酶解消化后游離出來，細胞的表面通常很脆，易于破裂，分離過程中要盡可能使細胞處于懸浮狀態，如處于梯度的屏障層上。如果細胞經離心形成沉淀，在重懸過程中由于剪切作用對細胞可能會有不同程度的損傷。在采用漂浮法分離時，都會應用蛋白水酶解，例如胰蛋白酶、膠原酶等。在隨后的清洗過程中這些酶未能*從游離細胞中清除，它們會對細胞繼續作用，所以有時在4℃下分離，其作用是抑制這些酶的活性。